利用转基因植物生产重组蛋白并不能解决所有蛋白的生产问题.是否选择这种方法很大程度上取决于所要生产的蛋白种类及用途.许多蛋白用传统微生物发酵的方法可以得到最好的效果.同样,某些蛋白质利用植物生产是唯一可行的办法.为了挖掘转基因植物作为蛋白生产系统的最大潜力,更好地了解植物蛋白折叠、组装和加工的细胞机理至关重要.植物作为表达系统的主要优点之一是,植物属于具有内膜系统的高等真核生物,因此能够利用与哺乳动物同源的侣伴蛋白对重组蛋白进行折叠加工及翻译后修饰.这就使植物能被用来生产单克隆抗体及其他各种免疫球蛋白分子和多聚复合体.